海洋生物学家李岸在一次深海考察中，救下了一只通体透明、泛着微光的奇特小章鱼。他将章鱼带回实验室，却发现这只章鱼拥有极高的智慧，不仅能通过改变颜色和形态模仿人类表情，甚至能操控周围的水分子。李岸为它取名“墨宝”，在朝夕相处中，墨宝逐渐展现出超越宠物的情感与守护欲。然而，一伙神秘的生物盗猎集团也盯上了墨宝，李岸必须保护它，并解开它来自远古海洋文明的秘密。
墨宝在月圆之夜变得异常焦躁，不断朝着大海方向发出声波。李岸带着它回到发现它的海域，墨宝跃入海中，与一群巨大的发光水母交流后，带回了一枚记录着远古信息的贝壳。
一位因眼疾失明的落魄画家来到海边，墨宝偷偷爬上他的画架，用触手蘸取颜料，在画布上画出了画家心中一直想见却无法再见的大海景象。画作完成后，画家的眼睛奇迹般地复明了。
盗猎集团雇佣黑客入侵了实验室系统，试图远程释放毒气麻醉墨宝。李岸在墨宝的警示下及时发现，两人（章鱼）合作，利用实验室的化学药品制造出烟雾弹，成功反制了入侵者。
李岸因课题压力大失眠，墨宝悄悄爬到他枕边，用触手释放出微弱的生物电流，按摩他的头部穴位。李岸在舒缓的感觉中沉沉睡去，第二天醒来发现墨宝累得缩在水箱角落。
李岸带墨宝去水族馆做公开讲座，墨宝趁他不注意溜进主水箱，与里面的鲨鱼“玩耍”。它用触手给鲨鱼挠痒痒，吓得所有游客以为鲨鱼发狂，场面一度失控又好笑。
李岸在深海潜水采集样本时，被一股暗流卷入海底洞穴。在缺氧昏迷前，他看到一团黏糊糊的发光物体游过来，用触手缠住他的氧气面罩，将他拖出了水面。醒来后，墨宝就趴在他的胸口。